隨著化肥行業產能過剩，化肥這個商品的特殊性逐漸退去，近幾年來，國家對化肥行業的運輸、電價、天然氣價格等政策也在逐步向普通商品靠攏。化肥優惠政策面臨全面取消，市場之手將逐步取代政策支持來推進化肥行業的發展。

　　運費價格方面：目前，我國化肥鐵路運輸執行優惠運價，根據2004年國家發改委、鐵道部聯合發出的通知，具有合法生產、經營資格的企業在全國范圍內運輸列入《實行鐵路優惠運價的農用化肥品種目錄》的農用化肥，均應執行農用化肥優惠運價。但近幾年，國家針對放開化肥運價的聲音越來越強。相關部門統計，從2008年開始(除2010年沒有漲價)每年的農用化肥鐵路運價都有13%以上的漲幅。最近一次漲價在2014年2月14日，中國鐵路總公司發布通知，對鐵路貨物平均運價水平每噸公里上調1.5分。同時，中國鐵路總公司宣布鐵路貨物運價由政府定價改為政府指導價。改為政府指導價是鐵路貨物運價市場化改革的第一步。政府指導價與政府定價相比，增加了浮動幅度的彈性，經營者可以根據情況在限制的幅度范圍內向上或向下浮動價格。整車農用化肥鐵路運價同額度上調，但是仍免收鐵路建設基金，運價率由每噸公里0.0976元上調至0.113元，上漲率為15.77%。

　　電價方面：與運費不同，各省根據國家發改委2004年下發的《關于化肥企業生產用電價格的通知》文件和各省電力公司的情況，為中小化肥企業提供電價優惠。《關于化肥企業生產用電價格的通知》要求，對化肥生產用電價格繼續實行優惠政策，年生產能力在30萬噸以下的單系列合成氨、磷肥、鉀肥、復合肥料生產應執行中小化肥電價。雖然各地電價沒有完全統一，但有數據顯示，參考我國各地區的銷售電價表，與同為大工業類別的其他用戶相比，各地對中小化肥企業的電價優惠幅度一般在40%以上。近年來，全國工業電價不斷上漲，化肥用電價格在優惠的情況下也以相應的幅度上調。然而，去年發改委下發的《關于調整銷售電價分類結構問題的通知》加快了國家取消化肥電價優惠的步伐。本次銷售電價分類結構中明確表示，在5年調整過渡期內，將現行大工業用電中的中小化肥企業等用電逐步歸并于大工業用電類。

　　天然氣價格方面：2013年6月，國家改委發出通知，決定自2013年7月10日起，調整非居民用天然氣門站價格。通知規定，此次非居民用天然氣價格調整，將天然氣分為存量氣和增量氣。存量氣門站價格每立方米提價幅度最高不超過0.4元，其中，化肥用氣最高不超過0.25元。增量氣門站價格一步調整到可替代能源(燃料油、液化石油氣)的價格。存量氣價格調整則分三步實施，計劃2015年實現與增量氣并軌。今年8月12日，發改委印發《關于調整非居民用存量天然氣價格的通知》，宣布自9月1日起調整非居民用存量天然氣價格，化肥用氣調價措施暫緩出臺。此次天然氣調價短期內不會給尿素生產和化肥用煤帶來明顯影響，但《通知》同時指出，用氣化肥企業需承擔冬季調峰責任。據某企業測算，冬季用氣高峰期間，如果氣頭尿素企業開工率只能達到50%，氣頭尿素產量每月將減少60萬噸。