《意見》提出，到2020年，在影響學術創新的科技體制機制改革關鍵環節和重點領域取得突破性進展，與實施創新驅動發展戰略的要求相適應的科研管理、人才培養等制度體系進一步完善，學術自治理念全面落實，學術評價更加科學規范，學術生態環境明顯改善，創新人才競相涌現，科技工作者探索研究的積極性顯著提升。
　　
　　多名專家就這份《意見》進行要點解讀。其中，依法治學、人財物“賦權”、彈性工作、不求全責備及最大化公共利益等成為科技界最為關注的五大亮點。
　　
　　亮點一：“依法治學”要防止過重處罰
　　
　　《意見》在其“基本原則”闡釋中便提出“堅持依法治學”的原則：建立保障學術自由的法治基礎，強化知識產權保護，依法保障科技工作者開展學術活動的權利，引導科技工作者自覺遵守憲法和法律法規，抵制學術不端行為，確?？蒲谢顒釉旄Ｈ嗣?、服務國家。
　　
　　然而對于上述提法，學者們也表達了不同的意見。
　　
　　“自然科學領域在學術自由方面沒有什么限制，很多事情不是法律能夠保障的。”北京大學信息科學技術學院量子電子學研究所教授張志剛在接受《中國科學報》記者采訪時指出，不能把什么問題都上升到法律層面，很多事情還是要靠科學家自己的道德自律去解決。
　　
　　對于是否有必要依靠法律手段抵制學術不端行為，上海交通大學教授李俠認為必須做到謹慎與克制。“法律是最后的手段，對于學術的不端行為的處理，還應該以幫助和教育為主。”
　　
　　“如果所有問題都用法律來解決，會讓很多人走向社會的對立面，這不是我們想要的結果。”李俠認為，即便是需要運用法律手段，也一定要有所區別。“對于那些對公共領域帶來重大傷害的行為可以入刑，但對于大多數人來說，這樣的處罰顯然是過重了。”
　　
　　亮點二：人財物“賦權”提高科研效率
　　
　　“買醬油的錢不能買醋。”這是近年來科學家們對科研經費預算制度的形象“吐槽”。在剛剛出爐的這份《意見》中，特別強調了“賦權”：“在國家政策制度框架下，擴大高校和科研院所在科研立項、人財物管理、科研方向和技術路線選擇、國際科技交流等方面的自主權。”
　　
　　對此，中科院院士、北京師范大學化學學院院長方維海表示，這一指導意見的關鍵在于“擴大科研單位財物管理的自主權”。
　　
　　和大多數科研人員一樣，方維海也不可避免地遭遇了“打醬油的錢不能買醋”的困境，即無法根據實際情況對預算經費類別進行調整。他向《中國科學報》記者表示：“《意見》的出臺為解決這一困境提供了政策引導，希望相關配套措施盡快落實。”
　　
　　方維海期待，將來，科研經費管理進一步細化，在嚴格執行財務管理規定的基礎上，科研單位有權圍繞項目目標，根據實際情況調整經費使用。“這樣，能夠提高我國科研經費使用的效率。”他說。
　　
　　亮點三：“彈性工作”實為保證科研時間
　　
　　中科院、中國科協和九三學社近年來的調查均表明：大部分科學家真正用于科研的時間不足三分之一?！兑庖姟分赋觯试S科學家采用彈性工作方式從事科學研究，但同時須確保用于科研和學術的時間不少于工作時間的六分之五。
　　
　　對此，中科院院士、中科院動物所研究員周琪說：“對于真正的科學家而言，是不會在乎所謂的‘上班時間’的?？茖W家遵從的是科研的固有周期。”為了保證研究水平，周琪每天的工作時間都不低于12小時。
　　
　　周琪認為，值得剖析的核心問題在于，對那些難以“達標”的科研人員來說，時間都去哪了。專家認為，行政化、社會化活動對科研工作的干擾日益顯著，要同時保障科學家的學術自由和科研時間，排除名利擾動、解除后顧之憂是關鍵。
　　
　　亮點四：“不求全責備”讓杰出人才脫穎而出
　　
　　中科院地理資源所研究員陳同斌看到，當前，在學術活動和職稱評審中，論資排輩的現象仍然存在，不敢完全讓年輕人負責更多的科研任務。
　　
　　《意見》指出，“堅決破除論資排輩、求全責備等傳統人才觀念，以更廣闊的視野選拔人才、不拘一格使用人才，創造人盡其才、才盡其用、優秀人才脫穎而出的人才成長環境。”
　　
　　對此，陳同斌認為，《意見》的發布，有助于更好地發揮年輕人的聰明才智和創新能力，有助于杰出人才的脫穎而出。
　　
　　“只要是堅持真理的科技工作者，即便是有個性和不同見解，也應該予以包容。”陳同斌告訴《中國科學報》記者，“追求真理，不隨波逐流，不追趕時髦，是一個人取得突破性創新的重要條件。只有給予這樣的科學家一個寬松、寬容的環境，才能突破傳統的束縛。”
　　
　　陳同斌回憶，20多年前，他和同事們一起開展污泥好氧發酵處理和土壤修復研究，在當時是冷門領域。“甚至同行都不太理解，如果不是長期堅持下來，就不可能取得目前這些具有標志性的新成果。”他深有感觸。
　　
　　亮點五：以“公共利益最大化”促知識分享
　　
　　《意見》中提到，應“更加注重科研成果的質量水平、創新性和社會價值，推動各類公共資金資助的科研成果優先在我國中英文期刊上發表，推進已發表科研成果在一定期限內存儲到開放的公共知識庫，實現公共利益最大化”。
　　
　　對此，《國際數字地球學報》常務副主編、中科院遙感與數字地球所研究員王長林有著直觀感受：“這些年來，我們期刊來自國內科研人員的投稿量有了大幅提升?，F在國家又出臺這樣的指導意見，我們特別歡迎。”如果沒有“梧桐枝”，很難引來“金鳳凰”，學術期刊與科學家之間，從來都是一個雙向選擇的過程。
　　
　　“期刊編輯部一直嚴把文章質量關，尊重同行評審的意見，特別注重文章的質量和研究成果創新性。”王長林告訴《中國科學報》記者，“我們還會組織專輯，優先發表中國科學家的研究成果。”
　　
　　從2008年創刊伊始，這個在中科院遙感地球所誕生的期刊就始終堅持國際化的辦刊方針，期刊的國際影響力不斷提升，創刊第二年就被SCI檢索收錄，最新的影響因子達到3.291，躋身遙感和地理學科第一梯隊，受到國際上的極大關注和贊譽。