清洗時將清洗液以低壓大流量在膜的高壓側循環，此時膜元件仍裝在壓力容器（即膜殼下同）內，而且需要用專門的清洗裝置來完成該工作。
用泵將干凈、無游離氯的反滲透產品水從清洗箱打入壓力容器中并排放幾分鐘，把壓力容器中的水排去。
用干凈的反滲透產品水在清洗箱中配制清洗液。
將清洗液在壓力容器中循環1小時或預先設定時間。對于Ф200mm壓力容器時，流速為133到151L/min；對于Ф100mm壓力容器時，流速為34到38L/min。
將清洗液在壓力容器中浸泡1小時。
將清洗液在壓力容器中循環1小時，流速同。
清洗完成以后，排凈清洗箱并進行沖洗，然后向清洗箱中充滿干凈的反滲透產品水以備下一步沖洗。
用泵將干凈、無游離氯的反滲透產品水從清洗箱（或相應水源）打入壓力容器中并排放幾分鐘。
在沖洗反滲透系統后，在反滲透產品水排放閥打開狀態下運行反滲透系統，直到反滲透常見故障：a、漏電開關跳閘；b、電導率升高；c、高壓泵不啟動或啟動后迅速停
 
故障現象 可能產生的原因 排除方法   
漏電開關跳閘 1、電器漏電
2、電流過大
3、接線脫落造成短路 逐一檢查電器元件
電機被卡住
清除故障   
電導率升高，產水量降低 1、膜降解
2、RO膜被污染
3、O型圈密封不好
4、進水壓力不夠 更換RO膜元件
在廠家指導下清洗膜元件
更換O型圈
檢查一下高壓泵