雖然研究證實電化學高級氧化技術能高效去除污水中的持久性有機污染物，但是由于實際廢水成分復雜，在實際工程應用中往往限制了電化學高級氧化技術的高效運行，通常需要更大的水力停留時間或更大的處理容積來彌補。比如反應體系中的氯物種及其衍生物包括氯酸鹽、高氯酸鹽和其它有機氯化合物的存在對電化學高級氧化的效率產生重要的影響，而且這種影響往往是不利的。此外，當溶液中存在高濃度的營養素、有機污染物和微生物時，過量的有機污染物會限制傳質效率，影響處理的穩定性和效率。而將電化學高級氧化技術與常規的生化處理相結合，則可以緩解這些問題，提高處理效果。

廢水經過預處理去除部分有機污染物之后再經電化學高級氧化進一步處理，可以提高整體的處理效率，有利于痕量難降解有機污染物的去除，并降低電化學氧化處理的成本。

將電化學氧化處理作為前處理與常規的生化處理相結合。如在對垃圾填埋場滲濾液進行多級處理的研究中，電化學氧化之后采用生物處理，進一步提高垃圾滲濾液COD 的去除效果，最終去除率達77%。

將電化學氧化處理與生物處理組合在一個反應器中同時進行也可以提高處理效果。經研究發現一體化工藝中的電化學處理效果與單獨工藝幾乎一樣，都能實現80% 的COD 去除率與97% 左右的脫色率，而組合工藝（生化-電化學處理工藝）)則能實現更高的去除效果，COD 去除率達90%，脫色率達98.5%; 但是從能耗方面考慮，一體化工藝的能耗最低。

電化學高級氧化技術具有很大的應用前景，然而由于實際廢水成分復雜，導致污水處理效果低于預期，運行成本也較高。電化學氧化與常規生化處理工藝相結合是解決這一問題的有效途徑，并且可以實現痕量有機污染物的完全去除。