熒光顯微鏡是免疫熒光細(xì)胞化學(xué)的基本工具。它是由光源、濾板系統(tǒng)和光學(xué)系統(tǒng)等主要部件組成。是利用一定波長的光激發(fā)標(biāo)本發(fā)射熒光，通過物鏡和目鏡系統(tǒng)放大以觀察標(biāo)本的熒光圖像。熒光顯微鏡以紫外線為光源，用以照射被檢測(cè)物體，使之發(fā)出熒光，然后在顯微鏡下觀察物體的形狀及其所在位置。熒光顯微鏡用于研究細(xì)胞內(nèi)物質(zhì)的吸收、運(yùn)輸、化學(xué)物質(zhì)的分布及定位等。細(xì)胞內(nèi)有些物質(zhì)，如葉綠素等，受紫外線照射后可發(fā)熒光；另有一些物質(zhì)本身雖然不發(fā)熒光，但如果用熒光染料或熒光抗體染色后，經(jīng)紫外線照射亦可發(fā)熒光。

   熒光顯微鏡所看到的熒光圖像，一是具有形態(tài)學(xué)特征，二是具有熒光的顏色和亮度，在判斷結(jié)果時(shí)，必須將二者結(jié)合起來綜合判斷。結(jié)果記錄根據(jù)主觀指標(biāo)，即憑工作者目力觀察，作為一般定性觀察基本上是可靠的。

    隨著技術(shù)科學(xué)的發(fā)展，采用細(xì)胞分光光度計(jì)、流式細(xì)胞儀、激光共聚焦顯微鏡和圖像分析儀等儀器。但這些儀器記錄的結(jié)果，也必須結(jié)合主觀的判斷。

熒光顯微鏡攝影技術(shù)對(duì)于記錄熒光圖像十分必要，由于熒光很易減弱褪色，要及時(shí)攝影記錄結(jié)果。方法與普通顯微鏡攝影技術(shù)基本相同。但需要采用高靈敏度制冷CCD，比如MC21，采用的是大靶面進(jìn)口SONY芯片的高靈敏度CCD，制冷到室溫下25度可以很有效的抑制噪點(diǎn)。

    因紫外光對(duì)熒光猝滅作用大，如FTTC的標(biāo)記物，在紫外光下照射30s，熒光亮度降低50％。所以曝光速度太慢，就不能將熒光圖像拍攝下來。一般研究型熒光顯微鏡都用冷CCD與計(jì)算機(jī)連接，將圖像存在計(jì)算機(jī)硬盤上。