高效毛細管電泳色譜儀是以毛細管為分離通道，以高壓直流電場為驅動力，利用帶電粒子之間的淌度差異和分配系數差異進行分離，是分析科學繼高效液相色譜儀之后的又一重大進展，使分析科學從微升級進入到了納升級水平，不僅使單細胞乃至單分子分析成為可能，也使蛋白質和核酸等生物大分子分析有了新的轉機。

        1937年，發明U形管移動界面電泳儀。這可看作是毛細管電泳發展的開端。

        1967年，最先在3mm內徑的毛細管中作自由溶液的區帶電泳。

        1974年，用200～500μm內徑的毛細管作區帶電泳分離。早期的研究受當時檢測靈敏度的影響，未獲得預期的高效分離效率，但為毛細管電泳的發展奠定了基礎。

        1981年，用75μm內徑的石英毛細管在3萬伏高壓下實現40萬理論塔板數的空前分離效率，這一工作被認為是現代毛細管電泳發展的里程碑。隨后毛細管電泳的研究急速升溫，許多大科學家也開始參與研究。

        1984年，使用含表面活性劑的背景電解質，開辟了毛細管電泳另一個重要分支－毛細管膠束電動色譜。

        1987年，結合傳統的等電聚焦電泳和凝膠電泳原理，實現了毛細管等電聚焦電泳和毛細管凝膠電泳。

        1988年，實現了微量制備的可能性，提取和分離了50μmol的蛋白質、肽和寡核苷酸等。

        上世紀80年代末，毛細管電泳的研究非常活躍，90年代起在技術和應用等方面都有了很大發展。

        1989年，推出第一批高效毛細管電泳儀。

        1990年，改進和應用了紫外檢測器。

        1992年，激發誘導熒光檢測器誕生，毛細管電泳技術得到不斷改進和更新，靈敏度和分辨率均達到預期的高效分離效率。